2012年12月26日水曜日

HP で主成分分析

主成分分析を調べていると、簡単に計算・作画可能なサイトがありました。

http://d.hatena.ne.jp/hoxo_m/20120106/p1

これは便利。
ただし、第2主成分の主成分得点がRや手計算(EXCELは手計算と言わない?)の結果と少し異なっていました。こういったサイトで傾向を見て、選別したものを R で計算しなおすのが良さそうですね。

計算サイトもそうですが、以下の部分も感心。R、深そうです。
data(iris)
data <- iris[1:4]
prcomp.obj <- prcomp(data, scale=TRUE) # 主成分分析

pc1 <- prcomp.obj$x[,1] # 第一主成分得点
pc2 <- prcomp.obj$x[,2] # 第二主成分得点

label <- as.factor(iris[,5]) # 分類ラベル
percent <- summary(prcomp.obj)$importance[3,2] * 100 # 累積寄与率

plot(pc1, pc2, col = label, main = paste(percent, "%"))

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