Cython

Pandas の公式に速度改善に関するチュートリアルがあります。
https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/enhancingperf.html

CPython ではなく、Cython の利用です。
C で書いたライブラリを Python で読むのではなく、Python で書いた関数を C に渡してコンパイルする形。渡す際に型を定義したり、型チェックを外すことで速くすることが可能になっているようです。これは、使い勝手が良さそう。

プロファイルは動かなかったのですが、それ以外は動きました。遅い処理はこのような簡易な処理方法があることも覚えておきましょう。