リンク効果

FFTでデータが2ⁿに足りない場合、後続に振幅0のデータを加えるという手法があります。

これ、結構なことでは？と思うのですが、データの頭などの振幅が大きいと、案外リンク効果が外れません（両側に0を足す、というアルゴではまずいのでしょうか？）。
静かなデータを選んで、と言うのは、単にノイズが少ないことだけでなく、データの両端の振幅が小さいことを確認して、ということなのでしょう。

今回、バンドパスを通していると、両端のリンク効果だけでなく、中間にもサインカーブの様な単純波形がでてきました。おかしいと思いソフトメーカーと話しているうちに、バグであることが判明。修正版を送っていただきましたが、これで大丈夫、という安心感を得られずモヤモヤしています。

波形と言うのは変換、計算の連続でチェックが難しいですね。
理論と経験、どちらも必要というのはどの分野も共通でしょうが、なかなか満たすのは難しいと思います。